Najvyšší podiel na obmedzeniach realizácie vlastníckych práv v lesoch majú najmä zákony: 543/2002 Z. z. o ochrane prírody a krajiny, 326/2005 Z. z. o lesoch, stavebný zákon č. 50/1976 Zb. v znení neskorších predpisov, 23/1962 Zb. o poľovníctve v znení neskorších predpisov, 70/1998 Z. z. o energetike.
Náhradu za obmedzenie bežného obhospodarovania doposiaľ umožňuje zákon č. 543/2002 Z. z. o ochrane prírody a krajiny v znení neskorších predpisov a zákon č. 326/2005 Z. z. o lesoch v znení neskorších predpisov, ktorý sa zaoberá náhradou škody na lesnom majetku a náhradou za obmedzenie vlastníckych práv. Ustanovuje možnosť uplatnenia náhrady najmä pri vyňatí a obmedzení využívania na lesnom pozemku, lesnom poraste, v dôsledku zvýšenia nákladov a pri osobitnom režime hospodárenia. Zákonom č. 364/2004 Z. z. o vodách je od roku 2004 štátnym subjektom znemožnené uplatňovať si náhrady za obmedzenie bežného obhospodarovania.
Zároveň sa vytvorili podmienky na hradenie ujmy z prostriedkov EÚ prostredníctvom Programu rozvoja vidieka na roky 2007 až 2013, resp. 2014 až 2020. S týmto cieľom sa prijali nariadenia vlády SR č. 146/2008 v znení neskorších predpisov o podmienkach poskytovania podpory v územiach európskeho významu na lesnom pozemku a č. 152/2008 v znení neskorších predpisov o podmienkach poskytovania lesnícko-environmentálnych platieb, ktoré upravujú podmienky poskytnutia podpory a spôsob jej uplatňovania.
V dôsledku nedostatku finančných prostriedkov a zložitosti preukazovania ujmy zo strany vlastníkov lesných pozemkov sa proces náhrady ujmy v zmysle zákona o ochrane prírody a krajiny v minulosti spomalil resp. zastavil. Nové impulzy na lepšie a efektívnejšie riešenie tejto problematiky prišli s novelizáciou zákona o ochrane prírody a krajiny (zákon č. 506/2013 Z. z.) a z rozšírenia početnosti ekonomických nástrojov náhrady ujmy. Okrem finančnej náhrady sa počíta s výkupom lesov, nájmom, objednávkou zabezpečovania úžitku príslušnej prírodno-ochrannej funkcie lesa a finančnou úhradou, ako aj vhodnou kombináciou týchto nástrojov.
Finančné nároky za obmedzenie bežného obhospodarovania lesných pozemkov z dôvodov ochrany prírody a krajiny sa uplatňujú najmä v pásmach 5. a 4. stupňa ochrany; v pásmach 2. a 3. stupňa ochrany sa doteraz nároky uplatňovali len v obmedzenom rozsahu. Podľa koncepčných materiálov Ministerstva životného prostredia SR je teoreticky možné uplatňovať si náhrady za obmedzenie obhospodarovanie lesných pozemkov na celkovej výmera 813 505 ha a kvantifikovaná ročná náhrada činí 325 965 430,- eur.
Celkovo možno konštatovať, že implementáciou NATURA 2000 dochádza k ďalšiemu obmedzeniu hospodárenia v lesoch, a to nie len na jej nových chránených územiach, ale aj vo väčšine už predtým chránených území so stupňami ochrany 2. až 4. Viac-menej bezo zmeny ostáva len pôvodný piaty stupeň ochrany, aj v ňom sa však skomplikovalo prípadné udeľovanie súhlasov a výnimiek (v prípade sťažností podaných na EK sa riešenie blokuje aj dlhšie než rok).